付箋は便利なのですが、 下線を引いたり注釈を書いたりした場合に近隣の文章を隠してしまい、 可読性が損なわれる点がよろしくありません。

かといって、 文章を隠さない場所に貼り付けると、 どの箇所に対する注釈なのかわからなくなってしまいますし、 下線の場合はそもそも場所を移動させては意味が無くなります。
メンディングテープも試してみましたが、 (1) 下の文書を透かし見るには思ったよりも透明度が高くないことと、 (2) 意外と粘着力が高いために剥がしづらいことから、 候補から除外しました。
トレーシングペーパーも、 下の文書を透かし見る程には透明度が高くなく、 そもそも切ったり貼ったりが面倒なので、 これも没です。
結局のところ付箋そのものが透明であることが必要なわけで、 随分探し回った末に4~5年ほど前に見つけたのが、 プラス株式会社 のスティックメモ(透明タイプ)でした。
(ほぼ)全面に粘着材が付着しているので、 余程の事が無ければ剥がれませんし、 何よりも貼り付けた下の文書を透かし見るのに十分な透明度を持っています。

スティックメモを見つけた時は、 「これさえあればもう大丈夫」と思ったのですが、 暫く使っているうちに、 一般的な技術書サイズの書籍で下線を引くには、 長さが足りない点が気になってきました。
プラス株式会社の顧客窓口に、 「製品ラインナップへの細長いタイプの追加」 の要望を送付してみたところ、 大変丁寧ではありましたが:
という趣旨の返信を頂きましたので、 少なくとも私の求める用途においては、 スティックメモの利用は諦めざるを得ません (返信の内容自体は残念ですが、 要望送付から間を置かない返信など、 プラス株式会社の対応は大変好感の持てるものでしたので、 同等製品で競合他社との選択になった場合には、 個人的にはプラス株式会社の製品を贔屓にしようと思いました )。
どうしたものかと途方に暮れていたところ、 時折読んでいた blog のとあるエントリーで、 高い透明度といい、 長さを自由に調整できる点といい、 まさにそのものズバリな製品 Memo Graph が紹介されているではありませんか!

検索してみると、 ここ数年で知名度を上げてきている製品のようです。
これなら、 どんなサイズの技術書でも、 下線を引いたり注釈を書き込んだりが自由自在です。 今度こそ「これさえあればもう大丈夫」です。
ちなみに、 会社でも購入してもらおうと総務にお願いに行った際に、 曰く「2年ぐらい前から使っていた」という Memo Graph を総務担当者の机の上に見つけた時の脱力感は、 近年稀に見るものがありました。 こんな便利なものを見つけていたなら教えてくださいよ~。
※ 使用書籍: "パターンによるソフトウェア構成管理"